U slobodnoj Hrvatskoj i Muzej u Županji postaje ponovno neovisan. Najprije je 29. ožujka 1991. godine Narodno sveučilište u Županji postalo Javno poduzeće «A. G. Matoš» (JUZBAŠIĆ 1997a, 34) kojemu je tada na čelu bio Iljo Kobaš do 24. travnja 1991. godine, a nasljeđuju ga Zvonko Živković do 30. ožujka 1992. godine te Jurica Buljan do 15. veljače 1993. godine. Javno poduzeće «A. G. Matoš» brisano je iz sudskoga registra Okružnoga privrednoga suda u Osijeku 15. veljače 1993. godine kada se, konačno, ustanove u njegovu sastavu (Hrvatska knjižnica «Tena», Hrvatski radio - Postaja Županja, Osnovna glazbena škola «Srećko Albini» i Muzej) osamostaljuju. U tom ratnom vremenu bilo je dosta konfuzije glede procesa ukidanja Narodnoga sveučilišta i osnivanja njegove alternative Javnoga poduzeća «A. G. Matoš» pa do osamostaljivanja pojedinih ustanova, dakle, i Muzeja. Naime, 29. ožujka 1991. godine odlukom Skupštine općine Županja osniva se Zavičajni muzejkao «poduzeće od posebnog društvenog ineteresa», međutim, Okružni privredni sud u Osijeku rješenjem od 26. lipnja 1992. godine odbija registrirati takovu prijavu Muzeja. Zavičajni muzej je 4. lipnja 1991. godine preimenovan u Zavičajni muzej Stjepana Grubera pa po tim rješenjima izgleda kao da je riječ o samostalnoj ustanovi, a ne još uvijek o jedinici u okviru Javnoga poduzeća «A. G. Matoš». U tom prijelaznom razdoblju, 30. travnja 1991. godine za privremenoga direktora imenovana je Janja Juzbašić, a Zavičajni muzej Stjepana Grubera konačno je registriran rješenjem Okružnoga privrednoga suda u Osijeku od 15. veljače 1993. godine. Od 18. kolovoza 1993. godine ravnatelj Muzeja postaje Janja Juzbašić, a rješenjem Ministarstva prosvjete i kulture Republike Hrvatske od 22. veljače 1994. godine osnivačka prava Zavičajnoga muzeja Stjepana Grubera i formalno se prenose na Grad Županju (JUZBAŠIĆ 1997a, 34). Od 1. prosinca 1996. godine ravnatelj Muzeja je Boško Marijan. Zavičajni muzej Stjepana Grubera u Županji ponovno je registriran u Trgovačkom sudu u Osijeku 17. veljače 1997. godine.

U posebno teško vrijeme Domovinskoga rata i Muzej se našao u nezavidnoj situaciji, a po uputama Ministarstva prosvjete i kulture od 8. srpnja 1991. godine trebalo je najvrijedniju muzejsku građu skloniti na sigurnija mjesta u Republici Hrvatskoj. Pošto su stalni postavi u Čardaku i Agenciji bili demontirani, djelatnici Muzeja Janja Juzbašić, Antun Jelić i Manda Zelić spremili su najvažnije muzejske predmete iz svih odjela te ih otpremili najprije u nešto sigurnija mjesta, odnosno u prizemlje Osnovne škole u Cerni i Osnovne škole u Babinoj Gredi. Ali, kako nakon nekoga vremena ni ta mjesta nisu bila sigurna, građa je otpremljena najprije u Etnografski muzej u Zagrebu, a potom u Gradski muzej u Varaždinu da bi, konačno, bila vraćena u Zavičajni muzej Stjepana Grubera tek 1997. godine (MARIJAN 1998a, 21).